Este texto apresenta o resultado de uma pesquisa qualitativa sobre o Ensino Médio, aborda a implementação do Programa Ensino Médio Inovador no Estado de Pernambuco, tendo como foco a inovação pedagógica e a iniciação científica e pesquisa como campo de integração curricular. Foram selecionadas duas escolas do sistema público de ensino para a efetivação da pesquisa, a qual se deu através da realização de entrevistas semiestruturadas com os professores da área de Ciências da Natureza e Matemática de cada escola. Objetivou-se com o estudo conhecer as concepções dos professores sobre inovação pedagógica na perspectiva da iniciação científica e pesquisa, a fim de analisar as dificuldades e possibilidades da efetivação do redesenho curricular proposto pelo ProEMI nas escolas pesquisadas. O estudo trouxe uma contribuição importante para o debate da formação para a inovação pela via do incentivo à iniciação científica e pesquisa no desenvolvimento profissional desses professores.