O principal objetivo deste trabalho foi investigar as principais dificuldades no processo ensino aprendizagem na disciplina de química enfrentados por alunos da 3° serie do ensino médio de duas escolas públicas estaduais, no município de Picuí no estado da Paraíba. O presente trabalho foi desenvolvido através de uma pesquisa qualitativa com a aplicação de um questionário direcionado aos alunos para a obtenção destes resultados. Através desta pesquisa foi possível analisar as dificuldades dos enfrentadas pelos alunos na relação do processo de ensino-aprendizagem da disciplina de química, destacam-se vários problemas dentre eles: a falta de aulas práticas e dinâmicas, falta de uso de experimentos, a carência de novas metodologias para este ensino. Nesta pesquisa os resultados apontaram que a grande maioria dos alunos do Ensino Médio possui dificuldades na compreensão da ciência Química.