O sistema educacional brasileiro vem sofrendo mudanças nas ultimas décadas, com a democratização do ensino, que abre as portas da escola regular para receber alunos com deficiência. A inclusão escolar deve possibilitar o sucesso na aprendizagem de todos os alunos, levando em conta as peculiaridades e dificuldades de cada um. Diante desse novo paradigma, a formação docente se apresenta como peça fundamental e indispensável para a efetivação dessa demanda, uma vez que o professor que sabe lidar com os diferentes perfis, consegue responder às necessidades de seus alunos, desenvolvendo diferentes estratégias de ensino para educar a todos, sem discriminação. Nesse sentido, o presente artigo objetivou analisar as dificuldades e os desafios enfrentados por professores da área de Ciências do Ensino Fundamental, diante da inclusão de alunos com deficiência. O estudo se caracteriza como uma pesquisa de abordagem qualitativa e utilizou o questionário como instrumento de coleta de dados. Os sujeitos foram oito professores de ciências de quatro escolas da rede pública, de Ensino Fundamental, localizadas na cidade de Iguatu- Ce. Os achados da pesquisa apontam que a escola precisa ser um ambiente acolhedor e acessível, que garanta as condições para o desenvolvimento das potencialidades de todos os estudantes. Existe a necessidade de capacitar os docentes para trabalharem com alunos com deficiência, desenvolvendo práticas pedagógicas inclusivas, capazes de responder às necessidades de cada educando. Assim, conclui-se que é preciso eliminar barreiras que, de alguma forma, impedem que o aluno desenvolva seu potencial e, efetivamente, seja incluído na sala de aula regular.