No presente trabalho, procuraremos refletir sobre o ensino religioso, mesmo de forma limitada, na sua trajetória republicana. Além disso, construiremos argumentos que defendem um ensino religioso sob a tutela das congregações religiosas em face da complexidade de se garantir, ao mesmo tempo, a liberdade religiosa, o arbítrio e a laicidade do estado brasileiro. Para realizar esta investigação, desenvolvemos uma pesquisa de cunho bibliográfico e nos sites da internet. Dentre os resultados desta pesquisa, destacamos que a separação entre Estado e Igrejas, desde 1891, nossa primeira Constituição republicana, tem ocorrido apenas parcialmente, uma vez que persiste a forte influência das Igrejas sobre as ações estatais no campo religioso, especialmente no do ensino. Nesse sentido, os laços entre Estado e Igrejas nunca foram rompidos completamente, salvo em momentos específicos da nossa história, pois as escolas públicas sempre ofereceram o ensino religioso com o ônus para o Estado. Nesta perspectiva, apresentamos seis argumentos para a construção de um ensino religioso sob a tutela das congregações religiosas, considerando desde a avaliação do ensino, questões relacionadas ao proselitismo e à equidade e igualdade de condições do ensino religioso para as diversas crenças religiosas do nosso País, até a ausência de docentes com formação específica para esse campo do ensino.