O presente trabalho tem com objetivo analisar o processo de alfabetização de jovens e adultos no contexto da educação especial. Vale ressaltar que o Brasil apresenta altos índices de analfabetismo entre os jovens e adultos com deficiência, constituindo hoje uma ampla parcela da população de analfabetos do mundo, visto que não tiveram oportunidades de acesso à educação na idade apropriada, e pelo longo período de reclusão a que foram submetidos. A observação de turmas de alfabetização no Programa TOPA - Todo pela Alfabetização instigou essa investigação. Como estratégia de investigação adotou-se o método qualitativo, buscando analisar a prática desenvolvida pelo alfabetizador com os alfabetizandos com necessidades educacionais especiais na EJA, aprofundando os conhecimentos sobre os desafios e as perspectivas dessa inclusão, utilizando os seguintes procedimentos metodológicos: levantamento bibliográfico e documental de documentos legais (sobretudo a legislação), bem como os registros dos alfabetizadores, coordenadores e supervisor do topa, baseado nos relatórios, com o objetivo de descrever e comparar tanto a realidade presente, como do passado. Também utilizamos a observação de nove (9) turmas de alfabetização do programa em nove municípios da Chapada Diamantina - Bahia. Foi possível constatar nas análises a fragilidade das práticas alfabetizadoras no processo de alfabetização de alunos jovens e adultos e especialmente quando destinadas para os discentes com deficiência intelectual.