A pesquisa teve como objetivo, utilizar a metodologia de aprendizagem para a compreensão de conteúdos de morfologia vegetal com alunos do Ensino Médio. No ensino da biologia, metodologias tradicionais legitimadas por processos decorativos, são pouco atrativas e que muitas vezes, diminui o interesse dos estudantes. Assim, o uso de métodos diferenciados pode corroborar significativamente no processo de ensino-aprendizagem dos estudantes. A metodologia de aprendizagem a partir de um enfoque na (Auto-Aprendizagem, Aprendizagem Interativa e Aprendizagem Colaborativa) foi utilizada como proposta diferenciada para abordagem de conteúdo da morfologia vegetal. Observamos que os conteúdos de morfologia vegetal foram potencializados a partir do uso do método de aprendizagem, percebível na bioestatística dos dados entre as duas turmas do Ensino Médio. O processo metodológico se demonstrou de grande relevância para a abordagem de conteúdos da botânica, podendo ser explorado por outras áreas, visto que contribui significativamente para reconstrução do conhecimento no ensino de ciências.