Este estudo visa apresentar a análise das dissertações relacionadas ao Ensino de Ciências produzidas no âmbito do mestrado em rede nacional ProfEPT. Por meio de uma análise sistemática das dissertações relacionadas ao Ensino de Ciências produzidas entre os anos de 2017 e 2022, identificamos que somente 27 trabalhos versavam sobre os temas relacionados às ciências da natureza (2,5% do total), dos quais 4 foram produzidos no âmbito do ProfEPT-IFRJ. Onze dessas dissertações (40,7%) discutiam ensino de Química, e outras onze tratavam de ciências de forma geral. A maioria dos trabalhos estavam voltados para o Ensino Médio Integrado (16 dissertações) e destaca-se a relevância da pesquisa na Educação de Jovens e Adultos, e na formação no trabalho, como por exemplo, na formação de mediadores de museus. Apontamos a necessidade de que o ProfEPT possa promover transformações no que tange às Práticas pedagógicas em Ciências.