O estudo teve por objetivo, avaliar as contribuições de uma Sequência Didática na aquisição de conhecimentos para prática de projetos de iniciação científica com alunos da 2ª série do Ensino Médio de uma escola pública estadual de Boa Vista - RR. A pesquisa se deu de forma qualitativa e descritiva, buscando uma reflexão sobre como ocorre o processo de avaliação no ensino de Ciências da Natureza, a partir da utilização da proposta metodológica dos três momentos pedagógicos de Delizoicov et al. (2011). As análises dos resultados foram feitas a partir da elaboração das etapas do projeto de iniciação científica e das respostas dos questionários aplicados no grupo/amostragem de dez alunos da série acima referenciada. Concluiu-se que as atividades da sequência didática, contribuíram para a sistematização tanto dos conhecimentos dos alunos como ao processo avaliativo, tornando-se assim uma estratégia de ensino eficaz no processo de avaliação da aprendizagem de metodologia científica.