A obesidade é considerada um problema de saúde mundial, caracterizada pelo acúmulo de gordura corporal decorrente do balanço energético positivo, além de estar associada a doenças tal como a dislipidemia. Em contraste, a prática de exercício físico tem sido demonstrada como capaz de promover alterações nas concentrações de lipoproteínas plasmáticas. Objetivo: Avaliar os efeitos de dois modelos de treinamento sobre as concentrações de HLD e não-HDL colesterol em adultos obesos. Métodos: Participaram do estudo 14 homens obesos com idade entre 18 e 35 anos, índice de massa corporal (IMC) acima de 30Kg/m² que não realizavam exercício físico regularmente. Os voluntários foram randomizados em dois tipos de treinamento físico com gasto energético isocalórico (291.5±32.8 kcal): Treinamento intermitente de alta intensidade (HIIT) (10 tiros com duração de 1 min a 100% VO2pico: 1 min de pausa passiva) ou treinamento continuo de intensidade moderada (MICT) (a 65% VO2pico). Os dois modelos de treinamento foram realizados três vezes por semana durante 6 semanas. Foram analisadas as concentrações de triacilglicerol, colesterol total e HDL, utilizando-se o kit colorimétrico Labtest®, Brazil. A análise do perfil lipídico foi realizada pré, após três semanas e 6 semanas de intervenção. Para o tratamento estatístico foi feito a análise de variância (ANOVA), com post-hoc de Bonferroni visando avaliar a diferença entre o tempo (pré, três semanas e após 6 semanas de intervenção), grupo (MICT e HIIT) e a interação entre grupo e tempo. A análise dos dados foi realizada utilizando-se o software SPSS versão 20.0 e a significância estatística foi fixada em 5%. Resultados: Não houve diferença entre tempo (p= 0,171; Effect Size= 0,138; F= 1,914), grupo (p= 0,642; Effect Size= 0,019; F= 0,227) e interação (p= 0,827; Effect Size= 0,015; F= 0,183) para as concentrações de não-HDL-colesterol. Para o HDL-colesterol não houve diferença no tempo (p= 0,176; Effect Size= 0,138; F= 1,922) e interação (p= 0,595; Effect Size= 0,038; F= 0,477) no entanto, o grupo (p= 0,012; Effect Size= 0,418; F= 8,636) se diferiu. Aumentou os valores de HDL-colesterol no HIIT após três e seis semanas e diminuiu no MICT. Conclusão: Seis semanas de treinamento não foram capazes de propiciar diferença pré e pós intervenção, no entanto para a variável HDL os dois modelos de treinamento (HIIT e MICT) se diferiram, com os valores de HDL-colesterol apresentando um ligeiro aumento após três e seis semanas no HIIT e menores para o MICT. Apoio CNPq e Fapesp.