O ensino da Microbiologia na Educação Básica representa a primeira oportunidade para os discentes conhecerem os pequenos seres que estão presentes no nosso cotidiano, seus papéis nas teias e cadeias alimentares, assim como seus usos potenciais ou malefícios. Nas escolas, em função do caráter abstrato da microbiologia, pode haver dificuldades no desenvolvimento desses conteúdos, seja pela ausência de laboratório, seja pela utilização de um livro inadequado, ou mesmo das dificuldades do professor em lidar com a temática. Partindo deste pressuposto, este trabalho objetivou avaliar como são abordados os conteúdos relacionados à microbiologia em livros didáticos numa escola pública e numa privada na cidade de Crateús-CE. A metodologia empregada foi à comparação de livros didáticos do ensino médio (2º e 3º ano) de uma escola privada e uma escola pública. Com esta análise, percebeu-se que os livros possuem uma diferença significativa, o da escola pública é mais generalizado, já o da escola privada é mais detalhista e aprofundado nos conteúdos. Entretanto, os dois dispõem de muitas gravuras, textos complementares, questões de vestibular, enfim, pôde-se observar que estão de acordo com o que é exigido do Programa Nacional do Livro Didático - PNLD.. Concluiu-se também que o livro didático – instrumento importantíssimo – não deve ser usado como único recurso do professor, contudo deve ser o mais completo possível, para que na falta de outros recursos, não deixem lacunas a serem preenchidas.