O ensino de Ciências nos anos iniciais é essencial para o desenvolvimento de habilidades e conhecimentos dos estudantes. Entretanto, lecionar em turmas multisseriadas, que reúnem alunos de diferentes séries, é um desafio educacional, principalmente para o corpo docente das escolas, que buscam conectar as especificidades dessa modalidade com as práticas do ensino de ciências e metodologias que englobam todos os alunos. Este resumo tem como objetivo principal investigar as dificuldades encontradas no ensino de Ciências em escolas de multisseriadas no estado do Maranhão. O estudo adotou como metodologia a qualitativa, iniciando com a aplicação de um questionário investigativo a duas docentes de escolas localizadas na zona rural da cidade de João Lisboa/MA e embasamento de alguns contextos bibliográficos que respaldam o conceito de multisseriado. Para a realização da pesquisa, foram levantadas as principais dificuldades enfrentadas no ensino de Ciências, com destaque para a questão do multisseriado, que se configurou como o maior desafio e obstáculo para o ensino, segundo as docentes. Outras dificuldades apontadas incluem o livro didático, que trata os conteúdos de maneira superficial, a carência de formação continuada voltada para a área de Ciências, a falta de infraestrutura nas escolas e as metodologias adotadas no ensino da disciplina. Em conclusão, de acordo com resultados obtidos do questionário, percebe-se que a grandes lacunas no ensino de ciências nessas duas escolas, entretanto sabe-se que a realidade mais viável para o funcionamento dessas escolas no âmbito rural é o multisseriado, pois promove o estudo de todos ao seu redor. Apesar das dificuldades, é necessário intensificar os estudos e buscar soluções para aprimorar o ensino de Ciências nesse contexto, com foco em estratégias que atendam às necessidades específicas desse modelo de ensino, como a utilização do ensino baseado em projetos.