O ensino de ciências requer um agregado de práticas metodológicas complementares as tradicionais para efetivar o conhecimento dos alunos. Isso decorre porque os conteúdos muitas vezes são considerados como abstratos e difíceis para os alunos internalizarem os conceitos descritos na disciplina supracitada. Seguindo essa vertente, o objetivo deste trabalho consiste em identificar as dificuldades de aprendizado dos alunos do Ensino Fundamental II, das escolas da zona urbana de Crateús/CE, quanto aos conteúdos da disciplina de ciências, segundo a concepção e experiências dos professores. Para realização desta pesquisa aplicou-se questionários, acompanhados de termos de consentimento livre e esclarecido, aos professores do Ensino Fundamental II do município de Crateús/CE, questionando os conteúdos de ciências que os alunos possuem dificuldade de aprendizado, bem como os motivos de tais dificuldades no percurso de formação acadêmica dos discentes e as práticas metodológicas de ensino utilizadas pelos professores para resultarem em conhecimento para aos alunos. Observaram-se de acordo com os dados obtidos que os alunos possuem dificuldades referentes às disciplinas relacionadas as estruturas microscópicas, tais como citologia e microbiologia, justificado pelos professores por serem disciplinas abstratas e por falta de interesse, inclusive na leitura dos conteúdos, pelos alunos. Quanto as metodologias, constatou-se que os jogos didáticos e as aulas práticas são os recursos mais utilizados na prática pedagógica dos professores. Desta forma, conclui-se que os alunos apresentam dificuldades de aprendizado em virtude da carência de leitura dos conteúdos abordados, assim como a necessidade de apalpar os substratos e relacionar aos seus conceitos. Destaca-se também que as metodologias complementares de ensino amenizam as problemáticas, as quais dificultam o aprendizado dos alunos.