O diesel, um dos combustíveis derivados do petróleo, é uma das mais nocivas fontes energéticas existentes. Assim sendo, a busca por fontes de energias alternativas aos derivados de petróleo encontra-se em uma crescente, sendo o biodiesel a opção mais estudada até os dias atuais. As principais vantagens do biodiesel são a possibilidade de obtenção do mesmo através de diversos óleos vegetais e, ainda, a facilidade em produzi-lo através de reações simples, como a de transesterificação. Dentre os reatores passíveis de utilização para produção de biodiesel, o de micro-ondas se destaca e vem sendo estudado devido a pureza do produto obtido nas reações e, ainda, devido às altas conversões obtidas para condições operacionais amenas. Atrelado a isso, a modelagem a partir de dados experimentais permite que sejam criados modelos que se ajustem ao fenômeno descrito e, ainda, que predigam valores para condições que ainda não foram aplicadas experimentalmente. Dessa forma, o presente trabalho consiste na modelagem e análise experimental dos resultados obtidos através da reação de transesterificação de ésteres etílicos em um reator de micro-ondas. As variáveis consideradas no modelo foram o tempo reacional e o catalisador empregado. Os melhores resultados obtidos foram para o catalisador homogêneo e, em virtude disso, o modelo foi elaborado com base nesse tipo de catálise e, consequentemente, os resultados preditos também levaram em conta somente o catalisador homogêneo.