Estuários hipersalinos são ambientes de transição entre os sistemas continentais e marinhos. Abrigam uma alta biodiversidade o qual dispõem de fins econômicos para a sociedade local. Contudo, o enriquecimento de nutrientes nestes sistemas vem comprometendo a qualidade de água e sua biodiversidade, acelerando o processo de eutrofização. Assim, a avaliação do estado/qualidade de um ecossistema costeiro é comumente baseada na aplicação de índices tróficos, o qual fornece informação acerca da condição ambiental do corpo hídrico e auxilia os gestores na tomada de decisão sobre seu manejo. Desta forma, o objetivo deste estudo é avaliar o grau de trofia de um estuário hipersalino no nordeste do Brasil utilizando o indice TRIX desenvolvido e aplicado para ambientes estuarinos. O estudo foi realizado no estuário do rio Aratuá, localizado em Guamaré, RN-Brasil. Foram coletados 12 pontos amostrais, distruibuidos em quatro zonas, em cada zona três pontos de amostragem, cada qual com três sub-amostras. A resposta do índice trófico TRIX para as zonas I, II, III e IV não variaram, classificando todas as zonas como ultraoligotróficas, embora os parametros Orto-P e NID tenham apresentado altas concentrações nas zonas III e IV. As variações e amplitudes das marés, influxos de água doce e hidrodinâmica do sistema pode regular e/ou reduzir as altas concentrações de clorofila-a e parâmetros relacionados a um ambiente com condições eutróficas. Por isso, a aplicação de outros índices devem ser testadas afim de avaliar a sensibilização dos índices aos parâmetros indicadores de eutroficação.