A palmeira Copernicia prunifera é conhecida como árvore da vida, pois oferece uma infinidade de usos ao homem, tendo seus produtos boa aceitação do mercado e valor econômico. As atividades de produção de cera e fabricação de utensílios a partir da palha de carnaúba representam atividades extrativistas artesanais sustentáveis e contribuem para o manejo sustentável de C. prunifera. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi quantificar a diversidade genética em uma população de C. prunifera. Foram amostrados 24 indivíduos de uma população natural da espécie localizado no município de Russas, CE. Foram utilizados sete iniciadores ISSR, que forneceram 101 locos com 69,31% de polimorfismo. O PIC de cada iniciador foi considerado mediamente informativo. A diversidade genética de Nei (He) foi de 0,208 e o índice de Shannon de 0,408. De acordo com o dendrograma (UPGMA) baseado na identidade genética de Nei, os indivíduos com maior similaridade genética entre si foram o 12 e o 13; 15 e o 16. A árvore mais divergente foi a 20. O resultado do gargalo genético indicou que a população amostrada sofreu uma redução no seu tamanho efetivo populacional. Assim, é necessária a conservação da população C. prunifera a fim de minimizar a perda de alelos importantes, contribuindo para manutenção da espécie.