O entendimento das variáveis que influenciam e distribuição espacial das espécies de peixes recifais ajuda a ampliar nosso conhecimento sobre as relações ecológicas, permitindo o delineamento de medidas mais efetivas de conservação e manejo. Neste estudo, identificamos as variáveis do habitat que mais influenciam a distribuição e estrutura das assembleias de peixes crípticos em recifes rochosos da Baía da Ilha Grande (BIG), RJ. Realizamos censos visuais subaquáticos em cinco regiões da BIG; duas abrangendo locais mais profundos de maior influência marinha (Ilha Grande e Canal Central), e três com locais mais rasos, próximos da costa sob influência estuarina (baía da Ribeira, Mambucaba e Paraty). Foram amostrados ao todo 48 locais entre 2010-2012. O modelo linear baseado em distância (DistLM) foi utilizado para identificar as relações entre estrutura da assembleia e possíveis preditores do habitat. A análise de redundância baseada em distância (dbRDA) foi utilizada para visualizar as relações. A altura do recife, cobertura de zoantídeos, algas frondosas e profundidade foram os melhores preditores da assembleia de peixes crípticos, explicando 31,3% da variação na estrutura. Uma assembleia com maior riqueza, composta por peixes das famílias Gobiidae (Elacatinus figaro, Coryphopterus sp.), Chaenopsidae (Emblemariopsis signifer) e Blenniidae (Parablennius marmoreus, Parablennius pilicornis) foi associada aos recifes com maior altura, profundidade e cobertura de zoantídeos das regiões da Ilha Grande e Canal Central. Em contrapartida, as regiões da Ribeira, Mambucaba e Paraty, sob maior influência das descargas de rios, foram caracterizadas pelo Gobiidae, Bathygobius soporator, e Serranidae, Serranus flaviventris. A variação na assembleia de peixes crípticos da BIG reflete mudanças na complexidade do habitat e influência estuarina. Espécies que forrageiam em bancos de macroalgas ocorrem nas enseadas próximas à costa, enquanto aquelas que utilizam a estrutura das rochas e invertebrados bentônicos como abrigo são encontradas em áreas mais distantes.
