Ecossistemas estuarinos são caracterizados por variação nas condições ambientais ao longo do espaço e do tempo, o que resulta em uma assembleia de peixes altamente dinâmica. Este estudo teve como objetivo investigar a distribuição espaço-temporal da assembleia de peixes de um estuário fortemente urbanizado, incluído em uma unidade de conservação integral na cidade de Fortaleza (CE), o Parque Estadual do Cocó, sujeito ao despejo de efluentes domésticos não tratados e à transferência de água de outras bacias hidrográficas. Para isso a ictiofauna foi amostrada bimestralmente com a utilização de arrasto de praia, tarrafas e picarés entre os anos de 2017 e 2018. A assembleia de peixes apresentou baixa riqueza de espécies (46) quando comparada a outros estuários da região, juntamente com expressiva biomassa relativa de espécies de água doce (21,6%), incluindo espécies exóticas como Betta splendens, Poecilia reticulata, P. sphenops e Orechromis niloticus. Foi observada estruturação espacial estável entre as estações do ano, sugerindo baixa conectividade entre as diferentes zonas do estuário. Alterações na estrutura trófica do ecossistema puderam ser inferidas a partir das variações nas guildas tróficas entre as zonas estudadas. Os resultados mostram como impactos relacionados com a urbanização podem influenciar as assembleias de peixes estuarinos, com dominio de espécies adaptadas para suportar condições de hipóxia e de espécies exóticas de água doce, alterando o funcionamento do ecossistema. A falta de variabilidade sazonal na assembleia de peixes indica uma perda da dinâmica natural do sistema, que é essencial para os mecanismos de geração de biodiversidade. Agradecemos ao CNPq/MCTI/FNDT/IC - CT, Hidro No 63/2022.