Boa parte dos sítios de desova de espécies migradoras neotropicais estão localizados em tributários. Em rios com alta intensidade de impactos antrópicos, tributários livres e com boa qualidade da água passam a ter ainda mais relevância no processo reprodutivo dessas espécies. Nosso estudo teve como objetivo avaliar a dinâmica reprodutiva dos peixes em seis tributários do rio da Velhas, bacia do rio São Francisco. Para isso foram realizadas amostragens a cada três dias entre novembro de 2022 e fevereiro de 2023 com rede de ictioplâncton nos rios: da Onça, Maquiné, Paraúna/Cipó, Pardo Grande, Curimataí e Bicudo. As amostras foram triadas e identificadas morfológica e molecularmente. Foram coletados 1.018 ovos e 103 larvas. Dentre os 32 taxa identificados, oito são espécies migradoras, representando quase a totalidade de espécies migradoras da bacia do rio São Francisco. Os resultados evidenciaram uma maior atividade reprodutiva nos rios Curimataí e Paraúna, mas com desovas nos demais tributários, mesmo que de menor número de espécies migradoras e em menor intensidade. Além disso, o grande número de espécies migradoras exclusivas nos dois tributários reforça a importância desses rios como área de desova de peixes da bacia do rio das Velhas. Estudos anteriores mostraram que 75% da fauna registrada na bacia do rio das Velhas está presente nos tributários. Considerando a necessidade de reparação e conservação de ambientes importantes para a manutenção da ictiofauna da bacia do rio das Velhas, os tributários avaliados, especialmente o Paraúna/Cipó e o Curimataí, devem ser legalmente protegidos. Além disso, é importante destacar a relevância da frequência amostral que possibilitou registrar eventos de desova de diferentes espécies e do uso de técnicas moleculares para identificação do ictioplâncton ao nível de gênero e espécie, especialmente considerando que até pouco tempo os ovos eram apenas contabilizados ou separados em categorias amplas avaliando o espaço perivitelínico.