A Biotecnologia é uma ciência que utiliza materiais biológicos para elaborar produtos e resolver problemas. Devido sua relevância para a sociedade, essa área foi incluída como uma unidade curricular, que faz parte do itinerário formativo de Ciências da Natureza e suas tecnologias no Novo Ensino Médio (NEM). Dessa maneira, o objetivo deste trabalho foi descrever a participação de duas acadêmicas do curso de Licenciatura em Ciências Biológicas, da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR), no segundo módulo do Programa de Residência Pedagógica (PRP). Durante o período, as professoras residentes ministraram a disciplina de Biotecnologia para estudantes do 2° ano do NEM, do Colégio Estadual Regente Feijó, localizado no município de Ponta Grossa-PR, durante os meses de maio até agosto de 2023. Nessa experiência, muitos desafios foram encontrados como a carência de conhecimento sobre Biotecnologia Verde, principal tópico tratado no segundo trimestre do ano, falta de interesse em relação ao conteúdo trabalhado, além da ausência de reagentes para as aulas práticas no laboratório e a dificuldade dos alunos em desenvolverem um projeto de pesquisa. Apesar dos obstáculos, todos esses desafios foram superadas, destacando a necessidade da inclusão da temática Biotecnologia Verde nos cursos de Licenciatura em Ciências Biológicas, bem como a importância da discussão sobre a inserção da metodologia científica em atividades de pesquisa no Educação Básica, visando o desenvolvimento de pensamento lógico e crítico e uma formação para cidadania.