Na Pedagogia da Alternância, os jovens dividem sua formação entre o ambiente escolar e familiar-comunitário, integrando família e escola no processo contínuo de formação. Esta pesquisa teve como objetivo analisar como acontece o processo do ensino de botânica no contexto da Pedagogia da Alternância, durante a formação de jovens do campo no interior do estado da Bahia. Ela foi desenvolvida em três escolas, que empregam o regime da Pedagogia da Alternância, são elas: Escola Estadual Rural Taylor Egídio (ERTE), no município de Jaguaquara–BA, a Casa Familiar Rural Presidente Tancredo Neves, no município de Presidente Tancredo Neves–BA, e a Escola Família Agrícola Mãe Jovina - (EFAMJ), situada na cidade de Ruy Barbosa–BA. Participaram da pesquisa professores de biologia e alunos do ensino técnico profissional integrado ao ensino médio, além de coordenadores e pais/familiares de alunos. A investigação teve uma abordagem qualitativa e utilizou como instrumento de coleta de dados o método da entrevista, que foram registradas em um diário de campo, seguida da análise de conteúdo segundo Bardin (2011). Os resultados demonstram que esse ensino é tratado com ênfase na realidade destes jovens. Verificou-se que só uma das escolas, a Escola Família Agrícola Mãe Jovina - EFAMJ, utiliza com exatidão todos os instrumentos da alternância, apesar de todas as dificuldades. Foi possível observar que a ERTE e a EFAMJ aplicam uma proposta agroecológica de acordo com o projeto da educação do campo. A pesquisa revela que a maioria dos jovens pretendem continuar no campo com práticas voltadas para a agricultura familiar.