As cavernas possuem características peculiares que oferecem condições favoráveis para o desenvolvimento de alguns microrganismos, tais como bactérias e fungos. A distribuição de fungos ao longo de uma caverna é influenciada pela disponibilidade de matéria orgânica, condições microclimáticas (disponibilidade água, temperatura, pH entre outros) e por parâmetros como composição mineral, porosidade e permeabilidade da rocha. Os microrganismos participam de diversos processos ecológicos e geoquímicos nos ecossistemas subterrâneos. A caverna três lagos está situada no município de Felipe Guerra-RN e possui grande fluxo de visitantes devido à proximidade com área urbana. O presente estudo teve como objetivo realizar o isolamento e identificação de fungos bem como a avaliação microbiológica da qualidade da água do local. Para o isolamento dos fungos, foram realizadas duas coletas utilizando a técnica de sedimentação em placa, através da exposição de placa contendo meio PDA (Potato Dextrose Ágar). Já para a análise da qualidade da água foi utilizado o método do substrato cromogênico Colilert® onde os resultados foram analisados através da tabela de NMP, de acordo com a resolução nº 274 de 29 de novembro de 2000 do CONAMA. Foram isolados 11 fungos filamentosos pertencentes a oito espécies de gêneros Aspergillus (A. flavus, A. niger, A. versicolor e A. wentii), Fusarium (F. solani), Penicillium (P. chrysogenum), Scopulariopsis sp., e Ulocladium sp A análise da água confirmou que, de acordo com a resolução nº 274 de 29 de novembro de 2000 do CONAMA, o material está dentro do padrão de aceitabilidade para as condições de balneabilidade.