Este trabalho ressalta a importância dos conhecimentos filogenéticos no estudo dos organismos eucariontes exemplificados pela ênfase dos representantes do grupo Stramenopila. Levantaram-se conteúdos acerca de concepções alternativas dos alunos referente à Sistemática Filogenética, bem como sobre quais fatores os condicionam, para as dificuldades quanto a compreensão de nomenclaturas, características evolutivas, estruturas celulares, e conhecimentos sobre “algas”. A pesquisa centrou nos raciocínios da análise de conteúdo e foram selecionados artigos básicos, envolvendo temas diversos, como sugestão de leitura prévia para fundamentar um arquebouço conceitual que aproxime o professor para a realidade do aluno, antes da efetivação das interações ensino-aprendizagem envolvendo o tema foco da aula