O Atendimento Educacional Especializado (AEE) é efetuado por um profissional devidamente preparado para atender à demanda escolar e constitui, indubitavelmente, um caminho salutar para a melhoria do processo de aprendizagem dos alunos com deficiência, além de ser uma ferramenta de inclusão que muito pode auxiliar o professor da sala comum no desenvolvimento das potencialidades dos alunos que precisam de adaptabilidades para aperfeiçoarem as comunicações e interações no espaço escolar e social de modo geral. Posto isto, busca-se com este estudo identificar e descrever as dificuldades que os profissionais do AEE têm em realizar o referido atendimento, bem como explicar as consequências da aplicabilidade dessas práticas no Atendimento em Escolas Estaduais do Município de Manacapuru – AM. Indaga-se: quais são as dificuldades desses profissionais e as consequências da aplicabilidade dessas práticas no referido atendimento? Para tanto, metodologicamente, efetuou-se uma pesquisa qualitativa fenomenológica, de caráter empírico em três escolas públicas do referido município, cujos dados foram coletados mediante a aplicação dos instrumentos observação assistemática, questionários e entrevistas, bem como analisados pela técnica análise do discurso. Constatou-se que os principais desafios são: conquistar o apoio da família no sentido que ela compreenda a importância das atividades que o professor do AEE realiza e melhore a frequência escolar dos alunos; participar de mais cursos de formação continuada; faz-se necessário também melhorar a estrutura das Salas de Recursos Multifuncionais (SRM) onde os atendimentos são realizados.