Os cursinhos populares universitários têm uma importante tarefa ao ensinar os conteúdos das Ciências da Natureza. Este estudo teve por objetivo mapear as dificuldades para ensinar Biologia, Química e Física em um cursinho pré-vestibular universitário, caracterizando-se como uma pesquisa exploratória e de caráter qualitativo. Participaram do estudo quatorze tutores das disciplinas de Biologia, Física e Química do cursinho pré-universitário Atena e os dados foram coletados por um formulário online. Os resultados indicam que os fenômenos de desmotivação de alunos e tutores, a defasagem de conteúdos da educação básica e a carência de formação e de experiência pedagógica são fatores determinantes de dificuldade no ensinar e aprender ciências da natureza no contexto desse cursinho popular.