O Ensino de Ciências da Natureza possui diversos conceitos abstratos ao entendimento dos estudantes do Ensino Médio e necessita de artefatos digitais que possam contribuir de maneira construtiva para o conhecimento. A partir desse contexto, há necessidade de uma análise nas disciplinas de Ciências da Natureza pelas escolas da 5ª GERE (Gerência Regional de Ensino) de Arapiraca-AL, constatou-se a dificuldade no desempenho dos estudantes em construir e visualizar estruturas moleculares. De forma geral, quando tratamos da observação de fenômenos macroscópicos é fácil realizar previsões e concluirmos algo. No entanto, no universo microscópico todos os processos ocorridos são decorrentes da forma (arranjo espacial) e da reatividade de moléculas de átomos. Assim, devemos encontrar modos eficientes de representação destas entidades bem como maneiras de visualizá-las a fim de possibilitar a aquisição de conhecimentos no campo das Ciências da Natureza. Nesse sentido, o uso de computadores pode revolucionar o ensino das ciências abstratas por constituírem ferramentas interessantes e capazes de estimular os estudantes a aprender, além de levar a um aumento da produtividade. Portanto, este artigo tem por objetivo apresentar uma nova metodologia de ensino a fim de auxiliar os professores de Ciências da Natureza do Ensino Médio a despertar o interesse e a curiosidade dos estudantes em determinados conteúdos que envolvam a visualização molecular. Nessa perspectiva, o presente trabalho apresenta a utilização do computador em conjunto com o software Arguslab, com a finalidade de oferecer diversas possibilidades na construção, manipulação e visualização tridimensional de moléculas, despertando o interesse e auxiliando na aprendizagem dos estudantes.