Este trabalho relata uma pesquisa qualitativa que buscou compreender as interferências dos Sistemas Apostilados de Ensino (SAEs) na autonomia de professores de ciências da natureza ou matemática em colégios da rede privada do Rio Grande do Sul. Foram realizadas entrevistas semiestruturadas com dez professores e o corpus foi analisado por meio da Análise Textual Discursiva ancorada nos pressupostos teóricos sobre autonomia docente de José Contreras. Ao fim do processo emergiram três categorias: Persuasão: resultados e comunicação; Materiais e Recursos Didáticos; Planejamento e Direcionamento. Os dados indicam elementos que afetam diretamente a prática pedagógica do corpo docente ou camuflam o controle exercido pelas empresas por meio de um discurso de flexibilização. Assim, defende-se que a racionalidade instrumental dos SAEs vem intensificando o processo de proletarização ideológica dos professores ao mesmo tempo em que dissimula seu controle com mecanismos mais sutis que levam a uma autonomia ilusória e enfraquecem movimentos de resistência.