A microbiologia é o ramo de grande relevância na biologia que estuda as bactérias, vírus, fungos, protozoários, algas unicelulares. É de extrema importância ter o conhecimento básico sobre microbiologia, pois essa área do conhecimento está diretamente ligada com a saúde humana e meio ambiente, neste contexto, a microbiologia merece papel de grande destaque no Ensino de Ciências e Biologia. Infelizmente é observado que na maioria das escolas as aulas de Ciências e de Biologia ainda são ministradas com metodologia de ensino tradicional, trazendo o conteúdo de uma forma limitada, o que dificulta o aprendizado científico eficiente e significativo dos mesmos. Desta forma, se faz necessário uma aula distinta do método tradicional, onde o aluno tenha a possibilidade de relacionar os conhecimentos advindos do ambiente escolar com o seu cotidiano. Nesta perspectiva, o trabalho teve como objetivo identificar as concepções que os alunos apresentam sobre microbiologia, a partir da aplicação de um questionário que trazia concepções básicas sobre este tema, principalmente aspectos associados ao cotidiano dos educandos. A análise do questionário possibilitou identificar a dificuldade apresentada pelos alunos envolvendo aspectos básicos e de grande importância sobre este tema, o que esta diretamente relacionado ao método tradicional de explanação do conteúdo. A partir deste trabalho, fica evidente a necessidade de introduzir metodologias alternativas que supram as lacunas deixadas pelo método tradicional, principalmente no que diz respeito a este tema de grande importância pra a saúde humana e do meio ambiente.