Por meio de uma reflexão teórica, discutiremos neste estudo os métodos de pesquisa utilizados pela História, Antropologia e Etnobiologia enquanto campos distintos do saber. Apresentamos aqui reflexões sobre o fazer da ciência no âmbito dos métodos e técnicas qualitativas da Etnobiologia, pressupondo que os métodos e técnicas determinam o caminho do conhecimento crítico do processo científico, caminho este que questiona seus limites e possibilidades, reconhecendo que o conhecimento etnobiológico tem, como fundamento, o compromisso e respeito com os valores das comunidades tradicionais e povos indígenas. Traz à discussão as principais críticas feitas à pesquisa qualitativa, como a de falta de representatividade e de possibilidades de generalização, e à sua subjetividade, que é decorrente da proximidade entre pesquisador e pesquisado, além do caráter descritivo e narrativo de seus resultados. O texto propõe que o mais importante é produzir um conhecimento que, além de útil, seja explicitamente orientado por um projeto ético visando a solidariedade, a compreensão e o respeito a outras culturas. A Etnobiologia se caracteriza por estabelecer pontes entre culturas distintas, dessa forma, ao trabalhar com humanos e suas expressões culturais, busca entender como essas expressões sobreviveram ao longo da história de um povo, sendo transmitidos de geração a geração através de práticas culturais próprias de um povo. Para realizar essa proposta, a Etnobiologia se apropria de teorias, métodos e técnicas das Ciências Sociais e Humanas como a exemplo da Antropologia e da História, para entender e explicar as interações dos humanos com os recursos naturais do ambiente onde vivem.