As espécies Piptadenia stipulacea (Benth.) e Amburana cearensis (Allemão) A. C. Smith, popularmente conhecidas como jurema branca e cumaru, respectivamente, são espécies florestais da Caatinga que apresentam importância econômica, medicinal e ambiental. Microrganismos patogênicos em sementes podem gerar mudas doentes, reduzindo o estande de plantas. O objetivo deste trabalho foi identificar os microrganismos presentes nas sementes de P. stipulacea e A. cearensis. Foram utilizadas 200 sementes de jurema branca e 200 sementes de cumaru, ambas coletadas na matriz. Para ambas as espécies, foram analisadas 100 sementes desinfestadas com hipoclorito de sódio a 1% e 100 sementes não desinfestadas. As sementes foram plaqueadas em meio de cultura BDA (batata-dextrose-ágar) + tetraciclina (0,05 g/L) e mantidas em estufa incubadora por cinco dias para quantificação e identificação dos fungos. Nas sementes de P. stipulacea foram encontrados fungos do gênero Aspergillus, Penicillium e outros não identificados morfologicamente (ausência de esporos em meio BDA). Nesta espécie, Aspergillus e Penicillium foram os que ocorreram com maior frequência nas sementes não desinfestadas. Nas sementes de A. cearensis foi verificado contaminação por fungos do gênero Aspergillus, Rhizopus e outros não identificados morfologicamente (ausência de esporos em meio BDA), sendo os mais frequentes nas sementes sem desinfestação Aspergillus e Rhizopus. Em ambas as espécies florestais estudadas, as sementes sem desinfestação apresentaram maior incidência de fungos.