Desastres ambientais em rios podem ocasionar erosão da diversidade genética, comprometendo a viabilidade de longo prazo da ictiofauna. Como as consequências genéticas do colapso da barragem de Fundão na bacia do rio Doce em 2015 permanecem pouco estudadas, estimamos a diversidade e a estrutura genômica de populações de Oligosarcus acutirostris ao longo da bacia, com foco comparativo entre cinco pontos de amostragem da calha do rio Doce e oito pontos em tributários. Bibliotecas genômicas foram preparadas para 157 indivíduos seguindo o protocolo Genotyping by Sequencing (GBS), sendo o sequenciamento realizado na plataforma Illumina para geração dos SNPs (Single Nucleotide Polymorphism). O controle de qualidade e a filtragem foram conduzidos com os softwares ipyrad, vcftools e PLINK, sendo ainda identificados e removidos loci putativamente sob seleção com o BAYESCAN. A diversidade e estrutura genética foi estimada com o pacote adegenet, DAPC e ADMIXTURE. Após as filtragens, foram retidos 143 indivíduos e 3.863 loci putativamente neutros para as análises. A heterozigosidade esperada foi maior nos tributários (HE = 0,137) em relação à calha (HE = 0,125). Tanto o DAPC quanto o ADMIXTURE identificaram cinco e seis agrupamentos genéticos, respectivamente, com a calha separada da maioria dos tributários. Apenas os tributários no alto rio Doce contribuíram de forma mais expressiva para a população amostrada na calha no ponto mais a montante. Os níveis de diversidade e a estruturação genética observados entre calha e tributários sugerem dois cenários possíveis: (a) poucos tributários apresentam conectividade com a calha e podem contribuir significativamente para a recolonização pós desastre; (b) as condições ambientais na calha permitem a colonização apenas de indivíduos adaptados as condições ambientais distintas as encontradas na maioria dos tributários. Além de ampliar as escassas informações genéticas disponíveis sobre a ictiofauna do rio Doce, nosso estudo demostra que as populações dos tributários não devem contribuir para recolonização ou para minimizar perda de diversidade genética dos estoques na calha após o desastre. As populações de peixes presentes na calha apresentam forte conectividade entre si, indicando uma população panmítica adaptada a condições ambientais distintas dos tributários. A análise de outras espécies de peixes e loci adaptativos deve gerar dados adicionais para comprovação das hipóteses de adaptação genética da população da calha em relação aos tributários.
