A quantidade de peixes criptobentônicos (CRBs) pode ser afetada por diversos fatores, dentre eles a composição e complexidade do habitat bentônico, uma vez que tais peixes tem relação estreita com o substrato. Um dos aspectos que influencia na mudança de substrato refere-se à teoria da homogeneização ecológica, que propõe que ecossistemas se tornam mais uniformes ao longo do tempo em resposta a perturbações ambientais, tendendo à perda de diversidade. No arquipélago de Fernando de Noronha (AFN) foi realizada uma pesquisa que investigou mudanças na densidade de CRBs e na cobertura do substrato bentônico, comparando estudos de 2000 e 2023, feitos por meio de censos visuais subaquáticos (quadrantes de 4m²) em 14 localidades da região. Houve aumento significativo (p ? 0,05) na densidade de CRBs para a região litorânea e em quatro localidades (Atalaia, Cagarras Fundas, Ilha do Frade e Laje 2 Irmãos) em relação à 20 anos atrás. Já os resultados das análises da composição de substrato indicaram um processo de homogeneização, com mudança significativa em 16 dos 20 atributos analisados, com destaque para algas (folhosas e calcárias), esponjas e turf que tiveram um aumento na frequência de ocorrência. A análise de Redundância (RDA) revelou a influência de diferentes tipos de substrato na ocorrência de CRBs, indicando que certos substratos, como areia e esponjas, estão fortemente associados a variações na distribuição de algumas espécies, como Bathygobius soporator e Elacatinus pthirophagus respectivamente, enquanto atributos como algas calcárias e algas pardas, apresentaram relações mais complexas com a estrutura das assembleias. Esses achados fornecem insights importantes sobre os efeitos da homogeneização ecológica em ambientes recifais no arquipélago. As informações obtidas são essenciais para orientar estratégias de manejo e conservação da biodiversidade local em ecossistemas marinhos protegidos.