Avaliar as comunidades biológicas é fundamental para entender a distribuição das espécies e as mudanças na biodiversidade, especialmente em ambientes sensíveis e ameaçados como os riachos da Amazônia. Neste estudo, avaliamos a variação sazonal e espacial na estrutura das assembleias de peixes de riachos na Amazônia oriental e os preditores ambientais responsáveis por essa estruturação. Esperávamos maior riqueza e diversidade no período seco, bem como uma variação da diversidade entre a estação chuvosa e a seca, sendo positivamente relacionada à disponibilidade de micro-habitats (e.g., banco de folhas, raízes) e cobertura florestal na paisagem. O estudo foi realizado em vinte riachos de primeira a segunda ordem, na bacia do Rio Guamá, Pará, Brasil entre 2018 e 2022. Seguimos um protocolo padronizado e em um trecho de 150 m coletamos variáveis do habitat. Os peixes foram coletados com auxílio de peneiras e a cobertura florestal foi obtida por meio de imagens de satélite. Para analisar o efeito das variáveis preditoras sobre a riqueza de espécies, diversidade, diversidade beta espacial e temporal, realizamos Modelos Lineares Generalizados. Coletamos 8.169 espécimes pertencentes a 75 espécies, 28 famílias e sete ordens. Em ambas as estações Hyphessobrycon heterorhabdus com 1.592 indivíduos, e Apistogramma gr. regani, com 1.207 indivíduos foram mais abundantes. Não observamos diferenças na riqueza de espécies e diversidade entre as estações. No entanto, a riqueza, diversidade beta espacial e temporal foram influenciadas positivamente por raízes finas, heterogeneidade de fluxo, profundidade do talvegue e árvores pequenas, corroborando parcialmente nossas expectativas.