Este trabalho teve como objetivo analisar a distribuição espacial e temporal do ictioplâncton, bem como a composição taxonômica e a relação com fatores ambientais na sub-bacia do alto rio Taquari, alto rio Paraguai, com vistas à conservação da ictiofauna pantaneira. As coletas de ovos e larvas foram realizadas em onze pontos de amostragem (rios principais e tributários), localizados no planalto, entre outubro e março de 2017/2018 e 2018/2019. Houve diferenças significativas entre os pontos de coleta, meses e anos, com maiores densidades de ictioplâncton nos rios Coxim e Taquari, entre o período de novembro e janeiro. Foram identificados 28 gêneros e/ou espécies de peixes, sendo dez táxons migradores de longa distância, com destaque para Hemisorubim platyrhynchos, Pseudoplatystoma spp. e Zungaro jahu, que ocorreram em oito dos onze pontos amostrados. Os ovos apresentaram uma relação negativa com temperatura da água e a pluviosidade, enquanto para as larvas, a relação negativa foi com a transparência da água e também a pluviosidade. Porém, sabe-se que os fatores ambientais influenciam a ocorrência das espécies de forma que cada uma tende a responder diferentemente às variações no ambiente. Os estágios de desenvolvimento larval vitelino, pré-flexão e flexão se distribuíram por toda a sub-bacia, principalmente nos pontos próximos à planície pantaneira. Os resultados indicam uma elevada abundância de ovos e larvas, com variações significativas tanto no espaço quanto no tempo, influenciadas por fatores ambientais, evidenciando a estreita relação entre a dinâmica do ictioplâncton e as condições ambientais locais e confirmando que essa região é uma área crítica para a conservação dos recursos pesqueiros do Pantanal. Portanto, estudos que evidenciem os processos ecológicos que afetam a distribuição e densidade do ictioplâncton fornecem informações valiosas para conservação do ecossistema e contribuem no manejo de estoques pesqueiros.