O rio Capivara, localizado em Botucatu-SP, é um dos principais afluentes do rio Tietê e está parcialmente inserido em duas Unidades de Conservação, além de áreas do afloramento do Sistema Aquífero Guarani. Considerado um rio-eixo, que nasce no topo da Cuesta e flui em direção à foz na Depressão Periférica. A fragilidade natural do relevo é intensificada pelas ações antrópicas, como urbanização e agricultura extensiva, que resultam em impactos significativos, incluindo erosão e assoreamento. A ictiofauna é um dos grupos mais afetados por mudanças ambientais que influenciam em suas estruturas populacionais, visto que a diversidade está relacionada com a disponibilidade de micro-habitats. O objetivo deste estudo foi analisar a composição ictiológica do rio Capivara, comparando-a com coletas anteriores realizadas em diferentes períodos. Para isso, foram selecionados cinco trechos ao longo da Cuesta e Depressão Periférica. As coletas foram realizadas em ambas margens, utilizando principalmente peneiras. No total, foram coletadas 44 espécies, pertencentes a 5 ordens e 12 famílias. Em comparação às coletas anteriores, 19 espécies não foram registradas na bacia, incluindo Ctenobrycon kennedyi (Eigenmann, 1903) e Roeboides descalvadensis Fowler 1932, que são originárias do Baixo rio Paraná e provavelmente alcançaram essa região devido à inundação das Sete Quedas e à sequência de barragens realizadas ao longo dos rios Paraná e Tietê. Essa comparação atualiza o conhecimento taxonômico da ictiofauna local e contribuirá para a elaboração de uma chave de identificação específica para o rio Capivara, facilitando a identificação das espécies em atividades acadêmicas e no desenvolvimento de projetos de extensão com a comunidade.