A salinidade é fator chave para entender as assembleias de peixes estuarinos no espaço e no tempo. Gradientes com ocorrência de hipersalinidade sazonal são comuns nos estuários da Costa Semiárida do Brasil (CSB), característica peculiar destes ecossistemas na região, influenciando a distribuição das espécies. Dessa forma, as estruturas taxonômica e funcional das assembleias de peixes foram comparadas entre zonas estuarinas e períodos do ano, quanto à composição de espécies, guildas tróficas e associação da ictiofauna ao ambiente estuarino (fish estuary-association score - E-FEAS). Coletas padronizadas com rede de arrasto e tarrafa foram realizadas em cinco estuários da CSB no Ceará. Padrões espaço-temporais foram identificados com análises multivariadas. As espécies e guildas tróficas com destaque na separação dos grupos foram identificadas usando SIMPER. Foram registradas 113 espécies de peixes. Migrantes marinhas foram predominantes com 64,8% da abundância. A guilda trófica mais abundante foi oportunista (31,7%). A zona inferior foi preferida por 55 espécies, enquanto 58 espécies preferiram a superior. Macrocarnívoros e detritívoros foram mais abundantes na zona superior, enquanto planctívoros na zona inferior. Oportunistas, onívoros e planctívoros foram mais abundantes no período seco. Valores médios E-FEAS foram diferenciados entre as zonas, mas não entre períodos do ano. Trechos hiperhalinos e euhalinos exibiram maiores E-FEAS, enquanto trechos limnéticos menor média. Porém foram valores nunca inferiores a 3,0, mostrando forte dominância de peixes estuarinos e marinhos nos estuários. Dessa forma, os estuários da CSB apresentam dinâmica espaço-temporal nas composições taxonômicas e funcionais da ictiofauna assim como qualquer estuário tropical, porém parecem apresentar padrões diferenciados de associação da ictiofauna quando comparados com estuários tropicais que possuem outros regimes pluviais. Esses achados reforçam a necessidade de medidas de conservação específicas para esses ecossistemas, que desempenham papel fundamental na manutenção da biodiversidade costeira. Agradecemos ao CNPq/MCTI/FNDT/IC - CT, Hidro No 63/2022 pelo financiamento deste estudo.