As espécies de peixes de água doce que ocorrem no estado de São Paulo distribuem-se entre três regiões hidrográfica: Alto Paraná, Atlântico Sudeste e Atlântico Sul. A região do Alto Paraná é a mais importante e ocupa 85% do território no estado. O presente trabalho teve como objetivo evidenciar as transformações ocorridas nos últimos trinta anos nos recursos pesqueiros dos rios Paraná, Paranapanema e Grande pertencentes à bacia do Alto Paraná no estado de São Paulo. Neste propósito, foi analisada a composição em espécies dos recursos registrados e verificada a similaridade de acordo com o local (rios/represas) e décadas (1990, 2000 e 2010), em termos de presença/ausência. Os dados analisados foram extraídos de relatórios técnicos, dissertações, artigos científicos e dados de monitoramento da pesca realizados pelo Instituto de Pesca e concessionárias de hidroelétricas. A similaridade espacial e entre décadas foi separadamente avaliada através da ferramenta multivariada nMDS (Non-Metric Multidimensional Scaling) e a matriz de similaridade/dissimilaridade foi calculada pelo índice de Jaccard. O resultado da análise foi aceito por valores de estresse <0,2. O teste TWO-WAY ANOSIM foi empregado para confirmar diferenças estatisticamente significativas entre os grupos (rios/represas e décadas). No total foram identificados 57 recursos pesqueiros, sendo 19 não-nativos (33,3%). Os principais resultados mostram que os rios investigados possuem ictiofauna espacialmente diversificada, refletindo diferentes características ambientais de cada região e uma tendência a transformação das assembleias ao longo das três décadas analisadas. Em geral, notou-se que as regiões mais represadas tendem a ter menos espécies migradoras e que peixes com hábito alimentar generalista e/ou de curta ou nenhuma migração, não parecem ter sido afetados significativamente. A pesquisa contribuiu para o melhor entendimento desses ecossistemas e das transformações ocorridas em consequência do represamento com repercussões na pesca, economia e segurança alimentar de muitas comunidades, além da perda da biodiversidade ictiíca nativa.
