Compreender a biodiversidade de macroorganismos em ambientes estuarinos através de múltiplas dimensões, é um aspecto importante o para avanço de nosso entendimento das comunidades de peixes, bem como, promover a conservação da diversidade. Com o advento da tecnologia do metabarcoding de DNA Ambiental (eDNA), conseguimos o exame simultâneo de aspectos genéticos e não genéticos da diversidade destes animais. Neste estudo, nosso foco foi caracterizar a comunidade de peixes na Baía de Aratu, Bahia, Brasil, com ênfase na diversidade filogenética e composição de espécies, através do metabarcoding 12S rRNA. Para a coleta das amostras, adotamos um método não invasivo com o uso de uma mini lavadora portátil acoplada a filtros de membrana de celulose de 0,47 µm, que retiveram o eDNA, garantindo sua integridade. Obtivemos um total de 23.414 sequências de uma assembleia diversificada de peixes, abrangendo 22 táxons. Espécies como Ctenogobius sp. e Mugil curema foram encontradas em mais de um período, enquanto outras, como Sphoeroides testudineus e Gerres cinereus, apareceram em momentos específicos, sugerindo respostas às variações ambientais. Nossa abordagem, tem o potencial de servir como uma ferramenta de escolha (ou aditiva) para o monitoramento da biodiversidade de peixes de ecossistemas de manguezal. Pois, as amostras marinhas contêm assinaturas moleculares características do habitat e o monitoramento do eDNA pode cobrir eficientemente a diversidade de vertebrados em escalas relevantes para a conservação de peixes. Por fim, destacamos a eficácia da técnica de metabarcoding como uma ferramenta sensível e não invasiva para o monitoramento da biodiversidade de peixes na Baía de Aratu, permitindo a detecção de espécies de difícil acesso ou baixa abundância.
