O gênero Farlowella inclui a segunda maior diversidade em Loricariinae. Com 33 espécies válidas e 51 nomes disponíveis na literatura, seus representantes estão amplamente distribuídos nas principais drenagens cis e transandinas da América do Sul. Apesar do gênero ser facilmente reconhecido, a aplicação dos nomes das espécies e seus limites são muito confusos. O presente estudo incluiu 115 sequências do gene COI e exame de mais de 1500 lotes e 5000 espécimes incluindo material tipo e não tipo de diferentes localidades na qual subsidiaram a identificação dos morfotipos. Foram realizadas análises de delimitação de linhagens através de análises independente de árvore filogenética (ABGD e ASAP) e análise baseada em árvore filogenética (PTP). Resultados preliminares indicam que a distância genética dentro de cada grupo variou de 2,5-13,3% e o número de linhagens variou de 27-32 linhagens. A análise ABGD reconheceu 29 linhagens, ASAP reconheceu 27 linhagens e PTP reconheceu 32 linhagens. Em todas as análises Farlowella hasemani, Farlowella knerii e Farlowella reticulata foram reconhecidas com mais de uma linhagem distinta. Farlowella curtirostra e Farlowella acus foram reconhecidas como uma única linhagem nas análises de ABGD e ASAP, enquanto na análise PTP com mais de uma linhagem. Cinco espécies presumidamente não descritas foram reconhecidas como linhagens independentes. Comentários acerca das implicações taxonômicas e da distribuição das espécies são discutidos.
