Eigenmannia guchereauae foi alocada em sua descrição original no gênero Distocyclus, tendo então sido diagnosticada de D. conirostris e D. goajira (=Rhinosternarchus goajira) pelo número de vertebras pré-caudais, número de raios da nadadeira anal, e posição da boca. Posteriormente, a espécie foi realocada em Eigenmannia com base em uma hipótese filogenética com base em dados morfológicos, na qual E. guchereauae foi recuperada como a espécie irmã de E. oradens, tendo então sido realocada para o gênero Eigenmannia. Neste mesmo trabalho, o gênero Distocyclus foi restrito a D. conirostris, e o gênero Rhinosternarchus foi proposto para alocar R. goajira. No entanto, a análise da tomografia computadorizada de um exemplar de E. guchereauae revelou que alguns caracteres foram erroneamente interpretados, e consequentemente o posicionamento desta espécie em Eigenmannia precisa ser reavaliado. Para tal, foi realizada a descrição osteológica detalhada da espécie com base na tomografia computadorizada e as codificações dos caracteres morfológicos foram revisadas. Dados moleculares também foram incorporados à matriz para a construção da nova hipótese filogenética. Como resultados, vinte e quatro caracteres morfológicos com dados anteriormente ausentes foram codificados, sete caracteres tiveram suas codificações corrigidas, e três novos caracteres são propostos. Eigenmannia guchereauae é recuperada como grupo irmão de Archolaemus (incluindo Rhinosternarchus goajira), sendo suportado por cinco sinapomorfias morfológicas, incluindo uma exclusiva. Por sua vez, este clado é recuperado como grupo irmão de Distocyclus, suportado por quatro sinapomorfias morfológicas, sendo uma exclusiva. Duas novas autapomorfias são propostas para a espécie: porção posterior do paraesfenóide não atingindo o basioccipital, e simplético não atingindo a porção ventral da hiomandíbula. Os resultados obtidos aqui indicam que uma nova realocação genérica para E. guchereauae é necessária.
