A diversidade funcional é a componente da biodiversidade que analisa o conjunto de atributos funcionais das espécies, i.e. as caraterísticas associadas às interações com os elementos abióticos e bióticos do ambiente. A diversidade funcional permite avaliar as respostas das assembleias de espécies a pressões naturais ou antrópicas e revela o papel das espécies no funcionamento dos ecossistemas. Portanto, o objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade funcional de peixes recifais do Refúgio de Vida Silvestre do Arquipélago de Alcatrazes, uma reserva marinha subtropical no sudeste do Brasil, comparando censos visuais subaquáticos (CVS) e vídeos subaquáticos remotos com iscas (BRUV) bentônicos e pelágicos. As espécies registradas foram classificadas em entidades funcionais, i.e., grupos de espécies que compartilham os seguintes atributos funcionais: grupo trófico, faixa de profundidade, classe de comprimento, categoria de mobilidade e posição na coluna d’água. No geral, 135 espécies foram registradas e classificadas em 67 entidades funcionais. CVS registrou uma maior riqueza de espécies, 79% do total, seguido por BRUV bentônico (73%) e BRUV pelágico (7%). A diversidade funcional apresentou o mesmo padrão, com CSV registrando 85% das entidades e da riqueza funcional, BRUV bentônico 78% e 61%, e BRUV pelágico 9% e 1%, respectivamente. Invertívoros demersais de pequeno (10-25 cm) e médio porte (25-50 cm), como Haemulon aurolineatum e Bodianus rufus, foram registrados principalmente por CSV, enquanto grandes carnívoros pelágicos como Carcharhinus falciformis e Sphyrna lewini foram mais registrados por BRUVs bentônicos e pelágicos. Além disso, 34 espécies e 15 entidades funcionais foram registradas exclusivamente por CVS, enquanto no BRUV bentônico foram 24 espécies e 7 entidades funcionais. Estes resultados demonstram a complementaridade dos métodos, capturando diferentes componentes taxonômicos e funcionais das assembleias de peixes, possibilitando uma melhor compreensão acerca da biodiversidade local e um planeamento mais eficiente para a conservação.