Historia Naturalis Brasiliae é considerada uma referência científica que trata sobre a biodiversidade e etnografia brasileiras. Diante da importância das fontes históricas e de grupos botânicos da flora brasileira nelas descritos, esta pesquisa teve o intuito de resgatar informações acerca dos táxons medicinais da família Fabaceae mencionados na Historia Naturalis Brasiliae, de Piso e Marcgrave (1648). A pesquisa documental contou com dois momentos de desenvolvimento. O primeiro compreendeu a leitura e interpretação dos registros nas fontes primária e secundárias e o segundo momento compreendeu a sistematização das informações. Do elenco das Fabaceae com indicação de uso medicinal, ao todo foram identificadas 27 plantas em nível específico, as quais estão incluídas em 22 gêneros, e duas plantas identificadas em nível genérico. O número total de indicações terapêuticas citadas relacionadas a este grupo de plantas foi de 58 sintomas e doenças, sendo o uso destes recursos vegetais em “feridas” o que concentrou o maior número de menções (12,1% das citações de uso medicinal), seguido da sua aplicação em caso de “dores” (10,3%). As análises apresentadas nesta pesquisa contribuem para a ampliação do conhecimento sobre as Fabaceae e para o resgate de informações sobre o uso medicinal de plantas em séculos passados. Sugere-se que futuras investigações tenham como base os resultados apresentados a partir da obra Historia Naturalis Brasiliae e possam analisar os constituintes químicos e as ações farmacológicas das Fabaceae medicinais.